发酵工程是指采用工程技术手段，利用生物（主要是微生物）和有活性的离体酶的某些功能，为人类生产有用的生物产品，或直接用微生物参与控制某些工业生产过程的一种技术。人们熟知的利用酵母菌发酵制造啤酒、果酒、工业酒精，乳酸菌发酵制造奶酪和酸牛奶，利用真菌大规模生产青霉素等都是这方面的例子。随着科学技术的进步，发酵技术也有了很大的发展，并且已经进入能够人为控制和改造微生物，使这些微生物为人类生产产品的现代发酵工程阶段。现代发酵工程作为现代生物技术的一个重要组成部分，具有广阔的应用前景。例如，用基因工程的方法有目的地改造原有的菌种并且提高其产量；利用微生物发酵生产药品，如人的胰岛素、干扰素和生长激素等。
发酵工程已经从过去简单的生产酒精类饮料、生产醋酸和发酵面包发展到今天成为生物工程的一个极其重要的分支，成为一个包括了微生物学、化学工程、基因工程、细胞工程、机械工程和计算机软硬件工程的一个多学科工程。现代发酵工程不但生产酒精类饮料、醋酸和面包，而且生产胰岛素、干扰素、生长激素、抗生素和疫苗等多种医疗保健药物，生产天然杀虫剂、细菌肥料和微生物除草剂等农用生产资料，在化学工业上生产氨基酸、香料、生物高分子、酶、维生素和单细胞蛋白等。
我公司开展的主要发酵工程项目微生物肥料是指一类含有活微生物的特定制剂，应用于农业生产中，能够获得特定的肥料效应。本公司研制的生物菌肥中含有十几种关键有益菌，如光合菌、放线菌等，经过权威机构鉴定和检测，菌的含量超过国家标准20倍，并且完全是属于有益菌群，绝无有害菌群，成型产品经过外加包装和保藏处理后，降低菌的代谢，可保证产品长时期的优势菌数，确保产品长期的稳定性。经过大量的作物试验已经证实本产品具有提高农产品品质、促进了植物生长、改良土壤、使用方便等特点，其应用效果已深入人心。与国内产品相比较，具有生产成本低、高效性的特点，而与国外产品相比，更能适应国内情况，是一种具有高性价比的产品，完全能够满足农户期待已久的需求。
